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肺结节无创诊断 ∣ 基准医疗独创靶向ctDNA甲基化高通量测序技术亮相AACR,开拓液体活检临床应用

2017-04-06 来源:基准医疗

导读:第108届AACR年会于2017年4月1-5日在美国首府华盛顿举行,作为世界上创立最早、规模最大的癌症研究科学组织,AACR每年吸引全球数万名肿瘤领域专家学者与会共议最新进展。基准医疗研发团队、广州医科大学附属第一医院何建行教授团队以及美国Van Andel Research Institute(VARI)研究团队共同完成的“Non-invasive diagnosis of early-stage lung cancer via targeted high-throughput DNA methylation sequencing of circulating tumor DNA (ctDNA)”研究成果入选AACR大会壁报,并于4月5日进行展示。本次汇报是国际上首次应用靶向ctDNA甲基化高通量测序技术开展肺部结节辅助诊断可行性的研究,获得与会专家高度关注与好评。



研究第一部分入组135例0.5-3cm肺结节患者手术切除组织样本,包括66例肺癌和69例良性肺部病变,采用公司自主研发的AnchorIRISTM甲基化DNA建库技术结合高通量测序对10,000个肿瘤特异性CpG甲基化区域进行并行检测,使用一半样本通过机器学习构建良恶性肺结节甲基化诊断模型,在另一半独立样本中可获得95.8%±1.0%的灵敏度和96.4%±0.8%的特异性。研究第二部分入组129例肺结节患者的血液进行验证试验,诊断灵敏度和特异性达到82.5%和83.3%,尤其在病理IA期肺癌中灵敏度仍达到81.5%,最小可检测肿瘤直径低至0.5cm。研究验证了AnchorIRISTM建库技术的优良性能,同时证明了使用ctDNA甲基化辅助诊断早期肿瘤的可行性,开启了液体活检临床应用的全新方向。(Poster #5383)


研究亮点

1、立足中国人群,构建国内最大肺癌甲基化数据库

DNA甲基化是肿瘤发生早期事件,是追踪肿瘤动态的理想标志物。基准医疗与Peter Laird教授(Lead investigator of VARI、Head of TCGA methylation program)合作,筛选10,000个肿瘤特异性CpG区域,涵盖20个癌种,35个病理类型,并结合高通量技术逐步在中国人群以及多个癌种中进行验证和优化,筛选中国肿瘤人群特异性DNA甲基化位点,服务中国肿瘤患者。

2、独创高效建库技术,突破临床应用屏障

基准医疗的AnchorIRISTM采用单链DNA分子先转化再加双向接头单链建库策略,较常规建库方法可提高10倍以上建库转化效率,最低建库起始DNA量可低达1ng,ctDNA最低检出频率<0.01%,适用于绝大部分早期肿瘤患者样本检测,可靠检测外周血中痕量ctDNA,稳定检出ctDNA特异甲基化状态,使无创检测早期肺癌变得可行。

3、聚焦临床痛点,助力肺癌早诊早筛

随着CT应用的增多,越来越多肺部结节被发现,然而肺结节良恶性鉴别一直以来是临床诊断的难点,80%以上为假阳性,诊断不清造成30-40%接受了不必要的手术,而常用CT/PET-CT检查导致辐射暴露,穿刺活检有造成出血、气胸或死亡风险,且存在一定假阴性。液体活检作为一种可无创获取的标本,通过ctDNA甲基化检测鉴别结节良恶性,有望解决肺结节诊断临床痛点。同时,这项研究的结果有望提高肺癌筛查的效率,发现更多早期的病变,提高肺癌治愈率。


后续计划

基于前期研究显示高通量甲基化辅助诊断肺结节具有优异性能,研究团队计划在全国范围开展多中心临床研究进行扩大验证,由广州医科大学附属第一医院何建行教授以及北京宣武医院支修益教授牵头,联合全国15家胸外科中心,计划入组1000-1200例孤立肺结节患者,对无创高通量甲基化诊断工具的诊断效能进行检验。研究将在2017年的5月份正式启动,预期9月份前结束。

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